北京大学生育健康研究所前身为北京医科大学公共卫生学院保健流行病学研究室，2000年建所并隶属北京大学医学部，2012年回归北京大学公共卫生学院、是学院13个实体系所之一。研究所宗旨是围绕国家需求，开展流行病学人群和实验研究、生育健康大数据研究、遗传和环境相关应用基础研究，阐明重大生育健康问题发生发展规律，服务国家生育健康政策、促进妇女儿童健康。主要研究领域包括生育健康流行病学、环境与生育健康、生育健康产学研转化应用研究，尤其关注不良生育健康结局分布规律、影响因素、发病机制和防控对策，生育健康大数据利用，人工智能应用以及相关交叉转化等方面的重要问题。研究所人员以第一或通讯作者发表成果在NEJM、Lancet、JAMA、BMJ、Cell、PNAS、Science Bulletin、Lancet子刊、JAMA 子刊、Science子刊、Nature子刊、The Innovation、Int J Epidemiol、Environ Health Perspect、Environ Sci Technol等国际一流期刊。
图1. 卫生部生育健康重点实验室成立论证会
研究所是流行病与卫生统计学国家重点学科的组成部分，国家卫生健康委生育健康重点实验室直接依托单位，国家卫生健康委全国妇幼卫生年报办公室具体负责单位；部分研究人员是女性生育力促进全国重点实验室、重大疾病流行病学教育部重点实验室的研究骨干。研究所现有教职员工18人，专业背景涉及流行病学、生物统计、环境科学、儿少卫生与妇幼保健学、食品卫生与营养学等相关学科。研究所现有博士研究生30人、硕士研究生32人；招生专业为流行病与卫生统计学，研究生由流行病与卫生统计学系统一管理；设有博士后流动站，常年招收博士后研究人员。
研究所在妇儿与生育健康研究领域国内领先、国际知名。上世纪九十年代研究所与美国疾病预防控制中心合作开展了叶酸预防神经管缺陷大规模人群干预研究，证实围孕期每日增补0.4毫克叶酸显著降低神经管缺陷发生风险，主要成果在New England Journal of Medicine和Lancet发表，为我国出台增补叶酸预防神经管缺陷重大公共卫生项目提供了有力支撑。2006年开展全球规模最大的基于个体随机分组的孕期增补复合微量营养素预防不良妊娠结局的随机对照研究，证实孕20周前开始每日服用叶酸和铁、叶酸和铁和其他13种复合微量营养素与单纯叶酸相比较，能够降低孕期贫血发生风险，但不影响围产儿死亡等不良结局，主要成果发表在JAMA Internal Medicine，为我国规范相关临床保健实践提供了高级别循证证据，也为世界卫生组织制订复合微量营养素相关指导意见贡献了中国证据。
图2. 中国（北京大学）-美国（疾控预防控制中心）胎儿神经管缺陷合作签字仪式
在常见体表重大出生缺陷方面，任爱国教授团队开展长期系统研究，获得了详实的流行病学证据，首次报道了多环芳烃暴露与神经管缺陷显著关联并阐释了作用机制，主要成果发表在PNAS、American Journal of Epidemiology、Environmental Science & Technology、中华流行病学等知名期刊，为我国出生缺陷防控工作做出实质贡献，获得教育部自然科学奖一等奖表彰。在生育健康大数据利用方面，刘建蒙教授团队围绕剖宫产、住院分娩、婚前医学检查、单独二孩和全面两孩政策实施效果等重大生育健康问题，开展了系列研究，为国家调整完善相关政策包括生育政策提供了重要支撑，多项成果发表在JAMA、BMJ、Science Bulletin、中华医学杂志等重要期刊。在环境与生育健康研究方向，研究所在Cell、Lancet子刊、Science子刊、Nature子刊、The Innovation、Environmental Health Perspectives、Environmental Science & Technology 等发表了一批高水平研究成果，绘制了人脑多区域时空发育图谱、探索了人工智能在环境与生育健康研究方面的应用。
研究所现任所长李宏田兼任两个校企联合实验室主任和全国妇幼卫生年报办公室（简称年报办）主任。校企联合实验室聚焦学科交叉转化应用，产学研结合服务临床保健实践。年报办负责收集、分析与管理全国妇女儿童常规统计数据，服务国家卫生健康委妇幼司，为国家制订妇幼健康政策提供科技支撑。
依托研究所建立的国家卫生健康委生育健康重点实验室是开展学科交叉研究的重要平台，现任重点实验室主任为刘建蒙教授，学术委员会主任为乔杰院士。重点实验室设生育健康不良结局模型平台、营养分析评价平台和环境暴露组学分析三个主要实验平台，配备液相色谱-质谱联用仪、气相色谱-质谱联用仪、原子吸收光谱仪、超高液相色谱仪、高效液相色谱仪、化学发光免疫分析仪等大中型设备，在多亚型叶酸等营养素分析评价、环境暴露组检测分析方面具有领先优势。
研究所编辑出版《中国生育健康杂志》（中国科技核心期刊）刊载妇女保健、儿童保健、计划生育、妇产科、儿科、男性科、生殖医学等相关方面的研究内容，是国内交流生育健康新理论、新进展、新成果、新方法的重要学术平台。